五毒真人姜太虚慕黄老之学，不惜万里赴天山白驼山谷寻访真仙，孰料一人没见着，乃流连穷谷中，碰巧在一石穴发现此经。展阅之下，大喜欲狂，穷三年之力始研通。下山后游走江湖，杀人无数，晚年追悔不已，欲去五毒功而未能，欲毁书而不舍，乃服孔雀胆死。
其后数十年，欧阳烈、欧阳锋兄弟困于白驼山谷，于绝望之际得此奇书，不料一阵狂风吹走，散失其中五页羊皮纸，仅得七页。欧阳兄弟据此练成一身绝技。后欧阳锋害死欧阳烈，继位白驼山主，成为宋末元初天下武林五大高手之一，号称西毒。另五页被风吹散的“五毒奇经”部分，由阴魔教主萨阿腾所得。此人亦穷凶极恶，后被大侠郭靖击毙。
五毒奇经记载有驱蛇之术，用毒之方，五毒之蝎子、毒蛇、蜈蚣、蟾蜍、壁虎精要，和蛤蟆功残卷。
