发展初期
少林武术的渊源，只能是北方地区、特别是中原地区的中国民间武功，至少在两汉时期，中原地区的汉族武术已发展到相当水平，行气导引之术也已积累了比较丰富的经验。此外，据史料记载，是在达摩之前，北方一些寺庙就有练武的风气，有的和尚还曾起兵反抗过官府。少林寺的和尚全部来自汉族民间，有些人入寺之前就会武功，入寺之后又在僧众之间互相切磋传授。这就使他们能够广泛汲取僧俗两界的武术精华，不断总结经验并有所发展创造。据史料记载，早在北齐（公元550-577）时，少林寺就出了一位以武功著名的稠禅师，其时少林寺才建寺不久。隋朝末年，少林寺十三武僧助唐王李世民击败王世充，少林武功从此才渐有名气。五代时，少林高僧福居邀请十八家武林高手入寺献艺，前后演练三年。福居博采众长，去粗存精，汇成《少林拳谱》。金、元之际，少林高僧觉远又在洛阳与武林名师白玉峰定交，二人同归少林，新创七十余手。从隋、唐到金、元，是少林武术迅速发展，并逐渐走向成熟的时期。少林寺以武功名扬天下是在明、清时期。
明朝嘉靖年间（公元1522-1566），倭寇侵扰东南沿海，少林武僧80余人在月空等人率领下勇赴沙场，屡挫敌焰，先后有30多人为国捐躯。据《吴淞甲乙倭变志》记载，少林武僧“俱持铁棍，长七尺，重三十斤，运转便捷如竹杖，骁勇雄杰。官兵每临阵，辄用为前锋”。当时全国寺院设有僧兵的，有五台、代牛、少林三家，但仅有少林一家慷慨赴难。嘉靖四十年（1561），抗倭名将俞大猷曾亲临少林寺，指点拳术和棍法。俞大猷又从少林寺中选出宗擎、普从二僧，让他们随军南下，亲自传授武艺，历时3年有余。万历五年（1577），俞大猷在京师授给宗擎《剑经》（《剑经》并非论剑之书，而是讲的棍法）。在名家指点和汲取汉族民间精华的基础上，又经过实战的磨练，少林棍术在明代中晚期有了明显的提高。万历四十四年（1616），程宗猷著《少林棍法阐宗》一书，把少林棍法列为棍家“正传”之一。其后，茅元仪在《武备志》中进一步提出“诸艺宗于棍，棍宗于少林”，第一次将少林棍术列为诸家棍法之首。至此，少林棍术已被公认为武术正宗。
发展后期
少林棍术扬名四海之后，少林武僧又致力于拳术的提高。明末，“寺僧多攻拳”，因少林拳术“犹未盛行海内，今专攻于拳者，欲使与棍同登彼岸也”。与此同时，不少文人感叹国事日非，内忧外患，遂自觉习武，以图报国，一时文人习武之风大盛。在武装抗清失败以后，一些志士仁人耻于蓄发留辫当新朝臣民，就纷纷遁迹山林，剃度为僧。他们既有较高的文化素养，有些人又有深厚的武术功底。他们将汉族民间武术与原有的少林武术交流融汇，使少林武功愈臻精湛。
入清之后，中原地区习武之风依然盛行。雍正五年（1727），清廷曾下旨严禁汉族民间习武，但少林寺僧众依然暗中练武不辍。少林寺的反清民族意识曾引起清廷的注意，少林武功则通过秘密会社广泛外传到汉族民间。以少林寺为代表的寺院武功在这一时期得到迅速发展，成为汉族武术史上一个引人注目的现象。
明末清初之际，少林武术广泛吸收了北方许多拳派的精华，在本寺武功的基础上加以融汇提炼，形成了内容博深、技艺精湛的少林拳系，全面取得了武术正宗的崇高地位。由于僧俗两界武艺的互相交流，也由于少林武术的名气越来专项大，北方的某些新派也托名少林以自重。这样，少林拳系实际上涵盖了中国北方地区的几乎所有的武术门派，少林武术也成了中国北方武术的总称。
大概在明清时期，少林武功逐渐南传，对南拳拳系、峨眉新系的形成和发展产生了重要影响。少林拳术的要旨是拳禅合一。少林寺是佛教禅宗的祖庭。禅宗以明心见性、顿悟成佛为要旨。在佛门眼中，参禅是正道，拳勇一类乃是末技，僧众们不过是借练功习武达到收心敛性、屏虑入定的目的，同时也可收到健身自卫、护寺护法的效果。正因为禅宗没有把武技看得太重，而是以禅定功夫为根基，泯灭争强好胜之心，屏弃尘俗纷扰之念，才使得武僧们习惯于在心静如水、无患无虑的状态下练功，又兼以寺院武功的传统优势，所以历史上的少林武僧往往得以步入武学的较高境界，这不能不在相当程度上归功于禅法的作用。
