小周天通达后，即可运用此法治病，但需事前弄清楚病区病灶与十二经络、奇经八脉的关系，然后才能引气循经运行，气攻病所，取得预计的效果。例如，足少阳胆经所属病区病灶或足少阳胆经所过之处有疾病痛痒，即可引气循足少阳胆经运行。具体运行线路，用意识暗示丹田有热气下行，过小腹，绕阴器，过谷道，到尾闾，即向两侧旁开一寸五分沿足太阳膀胱经上行，抵后颈大椎穴会合，上达头顶百会穴，下颜面，向两肩的肩井穴去，然后入腋下三寸渊液穴，至乳前第二肋骨期门穴，斜向脐旁九寸章门穴，直下至环跳穴，再下经风市而至膝下外侧阳陵泉，达踝上三寸悬钟穴而抵终点足底涌泉穴止。
另一种小周天治病运气法，不经过小周天迂回老路，而是以意领气，抄直就捷，直达病所，医治疾病。此种方法若顺其势，可气到病除，若逆其势，则弄巧成拙，增加病情。
不论是静坐吐纳，周天运气或运气治病，都必须在收功前气沉小腹，然后微开双目，轻伸手足，缓慢移步；切勿匆促，然后按摩八会穴，辅助周天运气之不足。
