内丹术的形成、发展过程，上下历经几千年漫长岁月。其中，从先秦到汉晋，是内丹的形成期。又称为早期内丹。从唐五代至宋元，是内丹的高潮期，为中期内丹。明清时期，是内丹的成熟期，为后期内丹。三个时期前后相承，脉络相联，但又各具阶段性特点。由此演绎出内丹的发展演进史。
内丹的正式出现，一般公认是以公元前一世纪左右方士魏伯阳所著(周易参同契)为标志。但是，作为一种以人体自我身心为对象的宗教修炼和信仰实践，则内丹的历史可以上溯到更早的先秦时期。它所产生的历史文化环境与思维模式，是上古时期原始思维方式和巫术文化背景。具体来说，。与中国上古时欺特有的宇宙生命发生论“移精变气”说密切相关。《素问·移精变气篇》说:
“余闻古之治病，惟其移精变气，可祝由而已。”所谓祝由，就是古代巫医运用祝咒祷攘等手段来“祝说病由”，驱邪治病。古巫术文化与思维建构于“万物有灵竺的前提下，认为一切生命状态均取决于不可见不可知的精气神灵的依附或离去。运用巫术手段来力求控制这种精气神灵的变化过程，是巫医治病的恨据。“移精变气”说便是这类巫术思维的产物。根据这一观念，古人特别重视决定生命状态的“精气”和“神魂”，认为这是决定人体生老病死、夭寿强弱的关键因素。《庄子》指出:“人之生，气之聚也。聚则为生.散则为死。”(易传·系辞)说:“精气为物，游魂为变。是故知鬼神之情况，与夭地相似，故不违。”精气是生命的根基，神魂是精气的集中体现和凝聚形式。人的生薯病死与夭寿强弱取决于能否采用有效手段来控制梢气的变化转移，也就是“移其精神，变化脏气”。
“移精变气”说的特点是将“气”与“神”连系起来。它虽然来源于巫术思维，但却对以炼养精气为特点的生命理论技术的形成具有重大意义。《内经》可以说就是依据这一观点发展而来的。其(上古天真论》主张“呼吸精气，独立守神”，提倡“积精全神”的养生医疗之道。(管子·内业》强调了神识意念之于精气的关系.:“思之思之.又重思之.思之而不通，鬼神将通之。非鬼神之力也。其精气之极也。”(吕氏春秋》记述伊尹的话说:“用其新，弃其陈，腠理遂通，精气日新，邪气尽去，及其天年。”
可以看到，先秦时期，由于人类认识的深化和理性主义的勃兴，原本是巫医理论的“移精变气”说已被改造发展成为一种具有朴素唯物论色彩的生命认识理论。这种生命认识排斥神灵鬼怪的地位，将生命现象归结于精神性的“神”和物质性的“气”这样的二元统一论，再加上先秦医学对人体内部脏腑经络等生命系统的不断深入了解，一种中国古代独具的身心炼养方法体系，包括导引行气和房中术逐渐形成了。
什么是导引?最早记录这项运动的(庄子·刻意》中说:
“吹峋呼吸，吐故纳新，熊经鸟伸，为寿而已矣。此道(导)引之士，养形之人，彭祖寿考者之所好也。”
庄子的这段话指出了先秦导行术的三大特征:第一，呼吸运动;第二，肢体运动;第三，功能和目的是“养形”·与长寿。
什么是行气?这是一种强调内气运行和内呼吸锻炼的技术;而不像导引术那样侧重肢体运动和呼吸运动以“养形”。齐梁时的著名道士陶弘景在(养性延命录)中指出了行气的这种特点:
“行气之法:少食自节，动其形，和其气血。因轻而止之，勿过失突.复而还之其状。若咽，正体端形，心意专一，固守中外，上下俱闭，神周形骸，调畅匹溢。修守关元，满而足食，因之而众邪自出。’.
在行气术中，精神意念的作用和内气运行是两大要素。在功能上，行气注重养内，即内炼脏腑及经络血脉系统。
导引行气的根据及认识，来自于中国古代人体生理认识及医学理论。这就是(灵枢·官能》中所说的:“理血气而调诸逆顺，察阴阳而兼诸方，缓节柔筋而心和调者，可使导引行气。”这徉一种内向深入人体内部系统进行自我调治炼养的认识模式，可以说构成了包括内丹在内的中国传统气功的基本特征。
