在几千年历史发展过程中，内丹术源远流长，门派繁多，见解各异，操作不同，形成了一个包括清修、双修，男丹、女丹，以及南宗、北宗、东派、西派等各种炼养系统在内的庞杂体系。但是，作为道教特有的一类修炼系统，内丹必然又有其相对稳定和独立的界定和特征。
首先，内丹是一种以静功为特征的人体生命内炼实践体系。在历史上，它是以道教特有的仙道炼养法门面目出现并流传的。在现代社会中，它以一类理论和功法完备而严密的传统气功体系而表现出其独特价值。
其二，在炼养思想方面，内丹是一种以道教神仙信仰为核心，兼融儒家伦理学说、尤其是佛教禅宗心性学说和禅定理论及方法的完整信仰林系和思想体系。内丹的这一性质决定它在历史文化结构方面有别于那些较为单纯的养生术及导引吐纳方法。
其三，内丹无论清修、双修、男丹、女丹均以人体内部性能量作为基本修炼物质和生理基础。这决定了人体生殖系统和性生理潜能是内丹的开发区域和对象。这不仅反映出内丹的源头不是一般的吐纳导引术而只能是古代特有的性修炼术，也就是人们所说的房中术;而且决定在内丹的整个理论、技术操作发展过程中，始终与房中术有密切关系。
其四，除了性能量外，内丹另一开发领域是人的无意识系统的潜能。这是其它中国固有的养生术和修炼法所不具备的。关于“性命双修”、“真性”、“元神”等理论，与佛洛依德、荣格等西方心理分析学家的理论不谋而合，且已受到荣格等著名学者的肯定与重视。“性命双修”的实质就是开发人体性潜能与心理潜能。
其五，在基本炼养理论方面，一方面，内丹全面地吸收运用了古代阴阳、五行、八卦等符号系统，并借用外丹炼制术语来形成一个完整而精密的理论架构体系;另方面，内丹全面继承并发展了中国传统医学及生命科学理论.形成了以精气神论、脏腑理论、经络学说等为基础的生命炼养学说体系和实践方式。
其六，在炼养实践和手段技术方面，内丹以大、小周天行气法为其基本实践方式，讲究沪鼎、药物、火候等三大炼养要素，并以炼己筑基、炼精化炁,炼炁化神、炼神还虚等四个阶段和成就作为基本炼养程序次第。
其七，在经典方面，虽然道教内丹在历史上丹经备出，何止千百，但历来内丹家一般公认东汉魏伯阳所撰《周易参同契)为“万古丹经王”，并尊(周易参同契)和北宋时张伯端所著《悟真篇》为内丹两大圣典。
其八，在价值目标方面，内丹追求性命双修、神形合一，亦即身、心两大系统的完备和统一。而其终极价值和最高目的，历史上的内丹家们则是要追求所谓“形解”、“还虚”、“阳神出顶”、“身外有身”、“长生不死”等宗教境界和目标。由此而构成道教、尤其是中、晚期道教最主要的信仰系统和宗教实践方式。
以上各点，可以说是道教内丹的基本特征。历史上的内丹家不论何宗何派，名号如何，均大致不出此范围。而那些不反映上述特征的炼养体系和方法，则一般不应视为内丹系统。
