经络系统在六字诀养生法中的运用主要表现在以意循经领气方面。在以意循经领气的过程中，由于经络错综复杂，意念活动难以顾及所有脉络，所以，只要能够做到意领有关正经的主干循行路线就可以了。因为是循经领气，不必过分地硬记所领经络之穴位，只要掌握了该经的循行路线即可。
人体内的经络系统是一个循环往复的统一体，气血的运行都是通过经络来完成的，不论是否练功，是否以意领气，气血都是按照经络的正常轨道在其内运行，以濡养周身。通过练功，内气充盈，气行则血行，内气能够有力地推动血液在经络中运行，则自然能使经络通畅。若再加上意念活动循经领气，产生意念力，则可对气血在经络中的运行起到一定的推动作用，从而提高练功效果。由于这一部分内容较为复杂，尤其是对于一些没有中医基础知识者以及年老体弱多病者来说，对于经络学说不容易理解和掌握，所以在初学六字诀时，只要掌握好口型、发音、收腹提肛、动作导引以及大脑尽可能的入静也就可以了，只不过效果略微慢一点。等到完全正确的掌握和熟练了功法，并且受到一定的效果后，再增加练习以意循经领气这部分内容。
六字诀养生法以意循经领气的具体运用是：
（1）嘘字功平肝气：
主要是疏通肝经之气。当念嘘字吐气时，足大趾轻点地，随即放开，意念气由肝经之井穴大敦穴（足大趾端）起，先循足背肝经上行，继续沿腿内侧肝经上行至阴部，再继续上行至胸部期门穴处而转入肺部；再由肺部出中府、云门穴，继续沿手臂内侧前缘肺经循行路线直达拇指端之少商穴处。以意领气时意念身体左右经络对称一致。
（2）呵字功补心气：
主要疏通心脉，培补心气心血。当念吐气呵字时，足大趾轻点地，随即放开，意念气由脾经之隐白穴起，循足内侧脾经上行，沿腿内侧前缘上升过腹、胸至腋下大包穴处而转入心脏；再由心脏出腋下极泉穴，沿手臂内侧后缘心经循行路线直达手小指端之少冲穴。
（3）呼字功培脾气：
主要是疏通脾经，健脾培土。当吐气念呼字时，足大趾轻点地，随即放开，，以意循经领气之路线与呵字功相同。即，意念气由脾经之隐白穴起，循足内侧脾经上行，沿腿内侧前缘上升过腹、胸至腋下大包穴处而转入心脏；再由心脏出腋下极泉穴，沿手臂内侧后缘心经循行路线直达手小指端之少冲穴。所不同的是，呵字功侧重于意领心经，呼字功侧重于意领脾经。
（4）呬字功理肺气：
主要是宣通肺腑，疏通肺经。当吐气念呬字时，以意循经领气之路线与嘘字功相同。即，足大趾轻点地，随即放开，意念气由肝经之井穴大敦穴（足大趾端）起，先循足背肝经上行，继续沿腿内侧肝经上行至阴部，再继续上行至胸部期门穴处而转入肺部；再由肺部出中府、云门穴，继续沿手臂内侧前缘肺经循行路线直达拇指端之少商穴处。所不同的是嘘字功侧重于意领肝经，呬字功侧重于意领肺经。
（5）吹字功补肾气：
主要是培补元气，疏通肾经。当吐气念吹字时，足五趾抓地，足心空起，意念气由足心肾经之涌泉穴起，沿足内侧、腿内侧后缘肾经循行路线上行入腹内，进入肾脏，下络膀胱，再沿任脉两侧肾经路线继续上行，直至俞府穴而转入心包；再出心包之天池穴，循手臂内侧中线心包经路线下行直至中指端之中冲穴。
（6）嘻字功理三焦气：
主要是疏理三焦，通调全身气机。因为前五个字的循经领气均为顺经而行，重于补而轻于泻，为避免出现补气太过，有过而无不及之现象发生，所以，嘻字功的以意领气采用先逆行、后顺行的方式，以通调气机，和缓血脉，平衡阴阳，以保持全身气血和顺，百脉皆畅。三焦主气，气顺则血和，气血和顺则有利于提高练功效果。具体以意领气的方法是：吐气念嘻字时，足四、五趾轻点地，随即放开，意念气由膀胱经之至阴穴起，沿足外侧、腿后侧膀胱经之循行路线上行直入体腔，再经下、中、上三焦而转入心包经，并继续沿手臂内侧中线心包经前行，直至手中指端之中冲穴；吸气时，意念气由三焦经之关冲穴气，沿手背、手臂背侧中线三焦经循行路线上行至头部丝竹空穴，再经头侧、体侧循胆经路线下行至腿部，继续沿腿外侧胆经路线下行直至足四趾端之足窍阴穴。
六字诀养生法为吐纳法，中心内容是通过呼吸吐纳，吐出脏腑之浊气，吸入天地之清气，引地阴上升以养血，吸天阳下降以养气，从而使脏腑功能协调一致，人体气血充盈，经络畅通，健康无病。引地阴上升即先由足部起，引阴经之气上升，前面所述之以意循经领气内容，均为循阴经上升。吸天阳下降有两方面的内容，一是练习六字诀吐气尽吸气时，由鼻孔吸天阳之气进入体内而沉入丹田；二是吸气时也可以循经领气，即由相关的阳经下降至足部。因为人体的经络系统是经脉相连，循环往复的，无有终端。例如，嘘字功，吐气尽吸气时，可以意念气由手阳明大肠经之商阳穴起，循手臂背侧前缘上行，至鼻旁迎香穴，再由双手之导引从面部循胃经下行直至足次趾端之历兑穴处。其它五个字类推。如果自学者感觉这些内容太繁琐，不易掌握，也可以不做这方面的意领。
