在六字诀的习练顺序上，历史上有代表性的论述主要有三种：
一是，陶弘景在《养性延命录》中记述：“已上十二种调气法，依常以鼻引气，口中吐气，当令气声逐字，吹、呼、嘘、呵、唏、呬，吐之。”这与孙思邈《备急千金要方》中的顺序是一样的，起于心，依五脏五行相克的顺序排列。
二是，邹朴庵在《太上玉轴六字气诀》中，不仅脏腑归属发生变化，其练习的顺序也相应变化，呈现由相克向相生变化的趋势。只有“呬”“嘘”之间还是相克，而且仍起于五行之心火，取先泄心之火毒的意思。
三是，明清以后基本改为按明代冷谦《修龄要旨》中记载的《四季却病歌》顺序：“春嘘明目木扶肝，夏至呵心火自闲，秋呬定收金肺润，肾吹惟要坎中安，三焦嘻却除烦热，四季常呼脾化餐。”这是按照四季循环，五行相生顺序来排列的。
第一种以“疗病”为目的，因此采取五行相克的顺序习练。以后，六字诀的应用逐渐向养生转变，习练顺序也逐渐向相生顺序发展，最后定型为与四季养生法相应的五行相生顺序。
因此，在习练六字诀中，若以治病为主要目的，应以五行相克的顺序习练：呵——呬——嘘——呼——吹——嘻。
若以养生为主要目的长期习练，则应按五行相生的顺序：嘘——呵——呼—呬——吹——嘻。
国家体育总局版本的健身气功六字诀就是养生为目的。
