关于少林派的起源，据北宋《景德传灯录》等书所载，南北朝时，后魏孝文帝大和年间（477一499），达摩大师从梁国北来，面壁于嵩山少林寺，历时九年而功成，遂传《易筋》、《洗髓》二经，创立少林武术。这个说法，为多种典籍所载，唐代李靖又写了《易筋经序》．但考之史实，却不与历史相合，现代学者已经证明这不过是传说，被称为禅宗初祖的达摩也并没有这样的武功。
历史上，在达摩以前，北朝寺院的练武风气就已形成。北魏孝文帝太和十九年（495）修建嵩山少林寺，最初是为西域高僧跋陀（又称佛陀）所建的。后来，达摩才来到寺中。达摩虽然创立了禅宗，却并非少林武术的创始人。事实上，少林武术是在长期的僧众习武中逐渐自发形成的。
少林武术的发扬光大。始于隋唐之际的一件大事。隋朝末年，天下大乱，少林寺被山贼所劫，僧众奋起拒敌，贼人放火烧毁寺院。秦王李世民与郑帝王世充作战，少林武僧应邀相助，活捉王仁则，逼降王世充，这就是著名的“十三棍僧救唐王”，也是著名电影《少林寺》的历史原型。李世民即位后，对昙宗、志操、惠赐、善护、普惠、明嵩、灵宪、普胜、智守、道广、智兴、满、丰13人大加赏赐，少林寺再度兴旺起来，少林武术也开始繁荣发达，逐渐成为中原武林第一门派。
宋太祖赵匡胤据说也是少林俗家弟子。从宋到元，少林武术有了一个较大的发展。元代大圣紧那罗王传授少林棍法而自成一宗，福裕禅师汇集了少林短打，少林武术的特点日渐突出，到明代便形成了少林“以搏名天下”的威望。明嘉靖二十三年（1553）、少林寺组织僧兵到江南抗倭，天启五年（1625）树立：“少林观武碑”，成为天下武林之宗。明代的著名武憎，有觉远上人、小山和尚、月空和尚，痛禅上人等，又有悟须、周友、周参、洪转、洪纪、洪信、普从、普使、广按、宗擎、宗想、宗岱、道宗、道法、庆盘、庆余、同贺、铉清18人，皆为武林中的超一流高手。明代后朔、少林武术渐从以棍法为主转向拳法。又吸收了很多民间拳种，集天下武术之大成，形成少林派。
清代康熙年间（也有的说是雍正），朝廷曾因少林寺藏匿反清义士“谋逆”而将其焚毁，并严禁民间练武，少林武术转入地下状态。并由转入南少林的一支，据说创立了洪门。清代的少林名僧高手有铁斋、致善、致果、天虹、湛举、五枚、古轮、妙兴、贞续、德根等。
少林派不只是少林寺的功夫，而是以少林寺武术为代表的整个外家功夫的集大成。一方面是少林寺僧从民间引进不少拳术，另一方面是少林寺也招收俗家弟子，使少林武术流传民间，同时，少林还在各地创立分院，自隋唐之际创立福建莆田九连山少林寺分院（即南少林）以来，元代福裕禅师在外蒙和林（今蒙古国前杭爱省哈拉和林），天津蓟县盘山、长安、太原、洛阳分别创立五座少林寺，再加上山东九顶莲花山、台湾八番社、四川峨眉山，一共是十座少林寺，这就把少林功夫传到全国。许多门派的源头，都与少林大有关系，就连武当和峨眉的开派传说，也有源山少林的说法。
在少林寺的分院中，以南少林最为重要。南少林又是南拳之祖，以五拳为主要拳法、有龙拳练神、虎拳练骨、豹拳练力、蛇拳练气、鹤拳练精之说，又有南拳、一路闯少林、二路提卢少林、三路文少林；四路拗步少林、五路武少林、六路神化少林等套路。（参见嵩山少林寺三十三代皈依弟子释永文《少林武术概说》，《武林》1983年第七期）
