全真道建立后的相当长段时间内，以其本身所具有的活力和统治阶级的支持，保持着向上发展的势头。与此同时，又保持着清楚的传承体系和集中统一的领导体制。在金元时期，经历了王嚞、马钰、谭处端、刘处玄、邱处机、尹志平、李志常、王志坦、祁志诚、张志仙、苗道一、孙德彧、兰道元、孙履道、完颜德明等十数代掌教的传承。它整个发展的历史，大略经历了四个时期。
(一)初传时期
全真道从初建至金末，是初传时期。王嚞经过多年努力，于大定七年（1167）把教派建立起来之后，于大定十年死于从山东返回陕西的途中。马钰嗣教，七大弟子分别在秦、翼、鲁、豫等地修炼、传教，而以马钰所活动的关陕一带为传播中心。尹志平《北游语录》称，马钰掌教时期，遵行“以无为为主”的教旨。所谓无为，指全真道的个人内修之“真功”，即以很大精力从事个人修炼，而不以太多的精力与时间去发展教徒，营造宫观。此时期他们大多过着清修苦炼、云游乞食的生活。但却逐渐吸引了一部分信徒，也赢得了一些中下层官吏的敬信和保护。此时与金廷上层统治者也无直接关系，组织规模和力量也比较小。
自刘处玄于金大定二十六年、丘处机于金泰和四年（1204）相继掌教以后，始逐渐重视创立宫观和收徒活动。
《北游语录》称刘处玄遵行的教旨是“无为、有为相半”，至邱处机则“有为十之九，无为虽有其一，犹存而勿用焉”。所谓有为，即指创观收徒活动。在此时期，他们以山东半岛为活动中心，收了相当数量的信徒，建起了一批宫观。从而引起了金廷的重视。大定二十七年，王处一被召至京，世宗问以养生之道。次年又召邱处机进京，命庵于万宁宫之西，以便皇帝召见问道，并命他主持万春节醮事。翌年，又召王处一。王抵京时，世宗驾崩，章宗即位命王处一为世宗设醮冥福。
皇帝的一再征召问道，抬高了全真道士的身价，促进了全真道的发展。元好问《紫微观记》描述了当时全真道传播的盛况：“南际淮，北至朔漠，西向秦，东向海，山林城市，庐舍相望，什百为偶，甲乙授受；牢不可破。”明昌元年（1190），金廷“惧其有张角斗米之变”，“虽以惑众乱民”为由，下令“禁罢全真及五行、毗卢”，但一直未能遏制其发展，以致“已绝而复存，稍微而更炽”。这样经过二三十年的发展之后，全真道组织已具有相当的规模，它在鲁、豫、秦、冀等地，已有了相当深厚的组织基础。
(二)鼎盛时期
金元之交，直至南宋覆灭的数十年间，是中国大地铁骑纵横、血火纷飞，生民涂炭的苦难年代，但也是全真道的鼎盛时期。鼎盛局面的积极推动者为邱处机，转变的契机则是成吉思汗对他的召见。在金世宗、章宗两朝（1161～1208），经过刘处玄、邱处机的努力，全真道在民间已拥有了较大势力，金贞皊二年（1214），邱处机又应山东驸马都尉之请，出而招安杨安儿的起义军。于是邱处机及其全真道，成为蒙古、金、南宋三方交相争取的对象，在金贞皊、兴定（1213～1221）年间，三方先后派遣使臣征召邱处机。邱处机审时度势，鉴于金王朝行将灭亡，南宋十分屠弱，唯有蒙古力量方兴未艾，乃作出：却金使，谢宋聘，独赴正在西征西域的成吉思汗之召的重大决定。他不辞年届七十三岁的高龄，甘冒风沙大雪之苦，于1219年率十八随行弟子登上征途，经历两年多的万里跋涉，终于在1222年到达西域大雪山（今阿富汗境内都库什山）成吉思汗的军营。成吉思汗对邱处机的到来慰勉有加，亲自两三次召见并作长谈。邱处机对其所问为治之方及长生久视之道，皆作了仔细的回答。深得成吉思汗的礼敬，尊称其为“邱神仙”。当他于1223年请准东归时，令他“掌管天下的出家人”，并敕免全真门下道士的差役赋税。
1224年邱处机返抵燕京，被请住大天长观（后改名长春宫），他顿时身价百倍，成为北方道教的风云人物，所居长春宫从此成为全真道活动的中心。“由是玄风大振，四方翕然，道俗景仰，学徒云集”。邱处机乃不失时机地着手全真道的大发展工作。实际上，他早在西觐东归途中，即大约在1223年五六月之某日，夜宿盖里泊（抚州之丰利县境内）时，就语其随行弟子曰：“今大兵之后，人民涂炭，居无室，行无食者，皆是也。立观度人，时不可失。此修行之先务，人人当铭诸心。”
故在此后，全真弟子们大建宫观，广收门徒的活动，就以空前的规模开展起来了。
全真道大建宫观、广收门徒的活动，从邱处机住长春宫起，一直持续到尹志平、李志常掌教期间。在这三十余年里，到底建了多少宫观，收了多少门徒，现已难于详考。仅就《顺天府志》所引《析津志》和《元一统志》所记之宫观作粗略统计，燕京及其附近地区即有宫观百余所，其中绝大部分为全真道宫观，又皆属邱处机至李志常掌教期间所建。其次，在河北、河南地区，李志柔及其弟子根据邱处机“立观度人”的意旨，先后在河北的大名、磁州等地“起建大小庵观殆三百区，化度道流称是”。刘志源也在大名路“建宫立观，亦二百余所”，“度门弟子三千余人”。赵志源也在河北“大名、磁、相之间，度学者凡数百人，立庵观十有余所”。李志远则在河南卫州胙城等地建立庵观。又其次，在山东、山西地区，张志渊在山东“主东平郓城白云观，度弟子千余人，庵观称是”。潘德冲则在山西芮城县建了全真道三大祖庭之一的纯阳万寿宫，俗称永乐宫。宋德方利用在山西平阳编《道藏》的机会，“犹假余力，即莱州神山开九阳洞及建立宫观，自燕至，凡四十余区”。薛知微也“度门弟子数百人”，“立观度人于河东云、应”之间。再次，在陕西、甘肃地区，于善庆（后改名志道）根据邱处机的安排，长期活动于陕西陇县、凤翔一带，“诣门求度为道士者数百人，俱立观院于凤翔、汧、陇之间”。綦志远在李志常掌教期间，提点陕西教事，曾“度门弟子数百人，建立宫观二十余所”。冯志亨在尹志平嗣教后之庚子年（1240），随志平去陕西改葬王嚞的路途中，“自燕至秦三千余里，凡经过道家宫观，废者兴之，缺者完之，至百余所”。
在邱处机的‘立观度人‘的号召下，大约经过三十余年的经营，全真道的宫观、弟子遍布于河北、河南、山东、山西、陕西、甘肃等广大地区。《清虚宫重显子返真碑铭》称：
“东尽海，南薄汉淮，西北历广漠，虽十庐之聚，必有香火一席之奉。”《修武清真观记》称：“自邱往赴龙廷之召，……自是而后，黄冠之人，十分天下之二。声焰隆盛，鼓动海岳。”
1228年安葬邱处机，和1241年会葬王嚞，可说是对全真道力量的一次大检阅。据载，安葬邱处机时，“四方来会之道俗逾万人，至有司卫之以甲兵”。会葬王嚞时，“时陕右虽甫定，犹为边鄙重地，经理及会葬者，四方道俗云集，常数万人”。不仅如此，据《尹宗师碑铭》记载，当尹志平于1236年，去陕西营建祖庭时，“时陕右甫定，遗民犹有保栅未下者，闻师至，相先归附，师为抚慰，皆按堵如故”。不久，在去云中化度道士的返回途中，“道经太行山，群盗罗拜受教，悉为良民。出井陉，历赵魏齐鲁，请命者皆谢遣。原野道路设香花，望尘迎拜者，日千万计，贡物山集。”这些描写，难免夸大，但全真道及其首领在群众中影响很大，当是事实。
尽管尹志平利用宗教的号召力，为元统治者效劳，但因其影响过大，却引起元统治者的猜忌。因此在元宪宗时期的佛、道“化胡经”之争中，元统治者持明显的袒佛立场，使全真道在（宪宗八年和至元十八年）佛道大辩论中两次败北，予全真道以沉重的打击。全真道发展的鼎盛局面，亦随之宣告结束。
(三)南北归宗时期
自元宪宗八年（1258），全真道在《化胡经》斗争中失败以后，处境十分困难，教徒的发展受到限制，斋醮被禁止举行。中经张志敬、王志坦、祁志诚、张志仙四人相继掌教，一直处于发展的低谷。直至成宗即位后的元贞元年（1295），始宣布大弛禁：“梗其道者（指权臣相哥）除之，取其业者（被僧人侵占的宫观）还之”，方使全真道从艰难处境中解脱出来。
全真道的发展尽管有低谷，但并没有停滞。特别值得指出的是，元朝实现了南北统一，为原在北方的全真道提供了南传的条件，当然也为原在南方的道教南宗提供了北上的机会。据现在所知，最早进入黄河以南传道的全真道士是吉志通，他是陕西郃阳人。“师乔潜道及潘清容。博学多闻。后居武当山，十年不火食。”于中统甲子（1264）逝世。⒅乔潜道是马钰弟子，吉志通即是马钰之再传。推其居武当山的时间，当在元宪宗时。比吉志通稍晚，武当山又有鲁大宥和汪真常相继成为全真道士，此后全真弟子日众，武当山遂成为全真道的重要据点。继武当山之后，全真道继续南传至苏、浙、闽、赣等地区，如居江苏仪征的李道纯（或谓居凤阳盱眙），居浙江杭州的徐弘道、丁野鹤、黄公望，居浙江黄岩委羽山的赵与庆，活动于江西、福建一带的金志扬、桂心渊，以及活动于江西、浙江、福建一带的李珏至陈致虚一系等。他们大多是南宗道士而加入全真道者。
全真道的南传，使原来互相隔绝、但却同源于钟吕金丹派的南、北二宗（南宗与全真道）增加了接触的机会。由此经过接触，彼此认同，逐渐产生了合为一宗的要求，特别是组织松散、势力弱小的南宗更有会归全真道的愿望。为了使二宗合为一宗，必须对二宗原来各自尊祀的祖师传系作必要的调整，使之合为一个双方都能接受的祖师系统，以便合宗后共同崇祀。这是二宗合并必不可少的工作。在这过程中，陈致虚是积极的推动者，他根据二宗已有的成说，在《金丹大要》和《金丹大要列仙志》中，提出了如下的祖师系统：
这种安排，显然是抬高了北宗，降低了南宗，但在当时元室已封王玄甫、钟离权、吕岩、刘海蟾、王嚞等为“真君”、“帝君”的条件下，这是最好的安排，故终被双方所接受，完成了二宗的合并。时间大约在元代中后期。
全真道除合并南宗以外，元代中后期又合并了真大道、楼观道和部分净明道，成为唯一的一个丹鼎大派，与符箓大派正一道平行发展。
自元成宗即位，解除了对全真道的禁令以后，苗道一、孙德彧、兰道元、孙履道、完颜德明等相继掌教。自苗道一起、每任掌教皆授封为真人、演教大宗师、知集贤院道教事。这是除玄教以外，其他道派掌教皆未获得过的褒封。他们在此褒封宠遇下，都相继由清静恬淡之士变为道士官僚。他们所居之地，早已不是王嚞为之设计的远离尘嚣的茅庵，而是置诸京城的雕梁画栋的豪华宫室。平时所为，除为皇室建斋祈福外，则是忙于与通显豪家相往还。陈垣先生称全真道上层的这种变化为“末流之贵盛”。上层贵盛了，教务随之却退步了。前期人才济济的景象不存在了，渐显出人才凋零的景象，前期那股朝气不见了，渐显出衰老的暮气来。
(四)衰落时期
入明以后，全真道步入衰落时期。这有它本身活力大半丧失的原因，也有明王朝所施政策的原因。明太祖为《大明玄教立成斋醮仪》所作的御制序文中说：“禅与全真务以修身养性，独为自己而已；教与正一专以超脱。特为孝子慈亲之设，益人伦，厚风俗，其功大矣哉！”表现出只支持正一，不支持全真的意向。后来的实际作法确是如此。朱元璋及其继任者召见的大多是正一天师及其门徒，道录司各级道官也大都以他们充任，全真道士被召见和受委任者极少。全真道首领并不住在白云观，出现群龙无首的局面。
在上述情况下，全真道分裂为诸多小派进行独自的活动，其正宗为“七真派”。即宗邱处机的龙门派，宗刘处玄的随山派，宗潭处端的南无派，宗马钰的遇仙派，宗王处一的嵛山派，宗郝大通的华山派，宗孙不二的清静派。其中以龙门派势力最大，记载也较多，其余六派所知甚少。至清初，龙门派经王常月之中兴，龙门派更盛于其他各派。除此全真嫡系七派外，又有明初张三丰所传的支派，万历间陆西星所传内丹东派，清嘉、道间李西月所传内丹西派，盖皆属全真道之旁系。以上派系再经繁衍，在明清时期，又分化出更多的小派。据《诸真宗派总簿》所载，即有八十六派，（含全真、正一两系），每派均有取名排辈用字。派系分衍愈多，并不表明道教的强大，恰恰反映它的衰微。
